概述
LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以:
- 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件;
- 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。
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使用VNL快速构建结构模型
- 导入数据库中的结构
- 导出LAMMPS的数据格式
- 构建块体、表面、界面结构
- 构建分子模型
- 构建随机合金、多晶体系
- 构建无定形体系
- 使用packmol将分子充填到晶胞
更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能】。
使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果
- VNL支持超大体系的显示和分析
- 原子数可达百万级
- VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质:
- 径向分布函数
- 速度/动能分布
- 速度自相关函数
- 局域质量密度分布
- 局域应力分析
- 从MD轨迹计算声子DOS
- 配位数分析
- 角分布函数
- 均方位移
- Evolution of average nearest neighbor number with tine
- 中子散射结构因子
- 弹性常数(应力-应变曲线)
- 多种函数重叠作图
- 支持柱状图、线状图
- 显示MD模拟过程的原子速度
- 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构
- 导出动画文件